Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki f;ora malesiana tumbuhan khas yang termasuk flora malesianaadalah

Selain Rafflesia arnoldii di Sumatra, tanaman endemik juga ditemukan di Papua, yaitu ratu sulur (Strong Ylodon). Papua juga memiliki pohon yang khas yang disebut matoa (Pometia pinnata). Bentuk buah matoa seperti kelengkeng, tetapi lebih besar dan buahnya membentuk rangkaian seperti anggur, berkulit tipis, dan kuat.

Berbagai daerah lain di Indonesia juga memiliki jenis tumbuhan yang khas. Kelompok meranti (Shorea spp.) dan rotan (Calamus caesius) merupakan jenis yang khas dari hutan di Kalimantan. Sedangkan pohon jati (Tectona grandis), mahoni (Swietenia mahagoni), dan Kenari (Canarium commune) banyak ditemukan di Pulau Jawa. Contoh lain adalah salak (Salacca edulis) yang banyak tumbuh di Yogyakarta, Bali, dan Banjarnegara, serta durian (Durio zibethinus) yang banyak tumbuh di Pulau Jawa dan Sumatra.